Удалось поработать какое-то время в конторе с мировым именем. По ряду причин пришлось уволиться. Вопрос - как писать в резюме, и стоит ли писать вообще, что я там был? Если этим людям позвонят и спросят какой-то reference про меня, то он 99% будет негативным. В то же время хочется донести до нового работодателя факт, что я там был. Что делать? 

Пробовали договориться с этими людьми, чтобы они не давали отрицательный отзыв? А Вы, в свою очередь, обязуетесь не распространять плохую информацию об этой компании, коммерческие тайны и не уводить клиентов.

практика покзывает, что обычно в отзывах говорят либо хорошо, либо ничего или мало.
Смотря, конечно, что у Вам там произошло.
А что если попросить работника компании дать отзыв? были же с кем-то хорошие отношения?
ну или указывать компанию в качестве опыта, а для отзывов дать контакты с других мест работа. вообще, смотря кда устраиваешься, многие компании не просят отзывы. а для опыта указать эту компанию, если это так критично, думаю стоит.
Если уж совсем опыт негативный -подумай, как его преподнести, чтобы показать свои сильные стороны, какие уроки вынес. это на всякий -если будут спрашивать, а так вообще не стоит упоминать, или только хорошее

Без твоего согласия крайне маловероятно, что будут звонить спрашивать.

Люди, принимающие принципиальное решение о найме, крайне редко звонят, разве что не знают лично людей, с которыми ты работал, и то всегда спрашивают, а что если они позвонят спросят про тебя. (маловероятный вариант). Если все же спросили, можешь сослаться на то, что они еще не знают о твоем увольнении, если это последнее место, или что ты работал с тем человеком, который оттуда ушел или еще что-то придумать)

когда принципиальное решение о твоем найме принято, нужно пройти формальную процедуру одобрения службы безопасности. Но они опять же звонят только по тем телефонам, которые ты сам напишешь в анкете как своих рекомендателей. Да даже если кто-то скажет что-то чуть отрицательное, ничего страшного, если в целом все окей. Но обычно и правда, либо ничего, либо нейтрально оценивают. Типа "Ну нормальный он, чувак как чувак".

В любом случае не заморачивайся. Удачи!